Si tu empresa necesita recobrar las incapacidades pagadas a sus trabajadores ante la EPS, esta guía te explica qué exige la norma, cómo radicar correctamente, cómo responder glosas, los plazos, intereses de mora y la prescripción. Todo, con base en el Decreto 1427 de 2022 (que reglamenta las prestaciones económicas del SGSSS), el DUR 780 de 2016 y criterios jurisprudenciales recientes.
Redacción Lexir
¿Quién paga cada tramo de la incapacidad y a quién se le recobra?
Antes de radicar, identifica el responsable del pago según el día de incapacidad y el origen (común vs. laboral). Esto evita recobros a la entidad equivocada.
| Tramo de días | Origen común (enfermedad/accidente no laboral) | ¿A quién recobra la empresa? |
|---|---|---|
| Día 1–2 | Empleador paga (auxilio a cargo del empleador) | No hay recobro (salvo acuerdos internos) |
| Día 3–180 | EPS reconoce la prestación económica | A la EPS |
| Día 181–540 | AFP/Colpensiones (régimen pensional) paga, por regla general | A la AFP/Colpensiones (si la empresa anticipó al trabajador) |
| >540 | EPS paga en supuestos regulados (p. ej., concepto favorable de rehabilitación o escenarios definidos en la C-270/2023) | A la EPS, si aplica |
Fundamento normativo y de política pública: Decreto 1333 de 2018 y su desarrollo sobre >540 días; criterios de Función Pública que reiteran la regla 3–180 (EPS) y 181–540 (AFP), y la línea de la Corte Constitucional (C-270/2023) sobre pagos superiores a 540 días y el rol de las EPS si no han emitido a tiempo concepto de rehabilitación.
Nota clave: si la EPS no emite el concepto de rehabilitación en los hitos temporales, debe asumir el pago desde el día 181 hasta que lo expida. Esta es una obligación reconocida por la jurisprudencia constitucional.
Requisitos legales para el reconocimiento del pago por la EPS (días 3–180)
Para que la EPS pague la prestación económica por incapacidad de origen común, a la fecha de inicio se deben acreditar tres condiciones:
Afiliación activa como cotizante (incluye pensionados con ingresos adicionales).
Mínimo 4 semanas cotizadas inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad (se verifican con la fecha límite de pago del periodo).
Certificado de incapacidad de la red de la EPS o validado por esta (si fue expedido por un prestador por fuera de red, se debe someter a validación).
Además: no se reconoce si la atención recae en tecnologías excluidas por la Ley Estatutaria de Salud (Ley 1751 de 2015).
Ingreso base de liquidación (IBL): para incapacidades y sus prórrogas se toma el IBC del mes anterior al inicio de la incapacidad (no de las prórrogas). Y si el IBC del mes de inicio varía más de 40% frente al mes anterior, procede reliquidación solo por ajuste salarial debidamente soportado.
Prohibido compensar por PILA: la empresa no puede descontar de las cotizaciones en salud los valores de incapacidades o licencias mientras espera el reembolso; la EPS debe pagar por transferencia.
Plazos de la EPS para revisar y pagar (y cuándo nace la mora)
El Decreto 1427 de 2022 fijó tiempos perentorios:
15 días hábiles: para revisar y liquidar la solicitud de la prestación económica desde la radicación completa.
5 días hábiles siguientes: para pagar lo autorizado al aportante (empleador) por transferencia.
Si la EPS incumple estos plazos, debe pagar intereses moratorios a la tasa DIAN (art. 4, D. 1281/2002).
Tip práctico: contabiliza el término de 20 días hábiles (15+5) desde tu radicación completa. Vencido ese término, puedes exigir intereses por mora.
Documentos que debe radicar la empresa (checklist)
Con base en el art. 2.2.3.4.1 del Decreto 1427/2022, prepara:
Solicitud de pago firmada por el aportante (según canal de la EPS: portal, formulario, SIPE).
Certificación bancaria (expedida hace ≤30 días; titular, tipo y número de cuenta, estado).
Certificado de incapacidad (de la red EPS o validado por esta si fue por fuera).
(Cuando aplique) Soporte clínico que respalde la atención (epicrisis o resumen de atención).
(Cuando aplique) Certificados de prórrogas integrados (no dejar saltos >30 días entre una y otra).
Planillas PILA pagadas y afiliación vigente al inicio.
Carta de presentación con relación de incapacidades (fechas, días, diagnóstico CIE, salario/IBC, valores pagados al trabajador y valor a recobrar).
SIPE: el Ministerio habilitó el Sistema de Información de Prestaciones Económicas (SIPE) para la gestión, trazabilidad y notificaciones entre EPS, AFP, ARL y ADRES. Consulta si tu EPS ya interoperó su radicación con SIPE.
Guía paso a paso para recobrar incapacidades (días 3–180)
Clasifica el caso
Verifica que sí es origen común (de lo contrario, es ARL). Si hay incapacidades simultáneas (común y laboral), solo procede la que más beneficio otorgue.Verifica afiliación y semanas
Corrobora que el trabajador estaba afiliado y cotizando como cotizante y que cumple 4 semanas anteriores. Si hay mora y no existe acuerdo de pago, la EPS puede negar.Consolida los soportes
Reúne el certificado de incapacidad y, si fue por fuera de red, solicita la validación. Agrega tu certificación bancaria vigente y la solicitud firmada del empleador.Radica por el canal definido
Usa el portal de la EPS o el módulo SIPE (si está disponible). Pide y guarda el número de radicado y el comprobante de carga.Monitorea plazos (15+5)
Agenda control a 20 días hábiles desde la radicación completa. Si no hay pago, activa cobro de intereses (tasa DIAN) conforme al D. 1281/2002 y eleva queja ante Supersalud si persiste el incumplimiento.Gestiona glosas de manera técnica
Si la EPS emite glosa/devolución, responde dentro del término y con pruebas. Recuerda que la EPS no puede exigir más documentos que los del decreto para prestaciones económicas.Cierre y conciliación contable
Una vez pague la EPS, concilia contra nómina y cuentas por cobrar. Si hubo reliquidación por variación del IBC >40% (por aumento salarial), conserva los soportes.
Cómo evitar glosas: causas típicas y cómo blindarte
Causas frecuentes de glosa/negación en prestaciones económicas:
Certificado fuera de red sin validación de la EPS → Gestiona validación expresa.
Faltan semanas cotizadas (4) o mora en aportes al inicio → Acredita PILA y afiliación al día.
Variación del IBC >40% sin soporte → Adjunta acta de aumento o evidencia contractual para reliquidación.
Prórrogas con saltos mayores a 30 días o inconsistencias de fechas/códigos CIE → Unifica cronología y confirma correlación clínica.
Intentos de compensar por PILA en vez de pedir pago vía transferencia → Recuerda la prohibición del parágrafo (no deducir de cotizaciones).
Reclamo a la entidad incorrecta (p. ej., se pide a EPS días 181–540) → Dirige el recobro al fondo de pensiones en ese tramo.
Buenas prácticas:
Usa listados de control por cada radicación.
Conserva historial de radicados (fechas, folios, usuarios) y bitácora de comunicaciones.
Si tu empresa anticipa pagos de días 181–540, define protocolo para recobro a la AFP/Colpensiones.
¿Y las licencias de maternidad y paternidad?
Para licencias, la EPS paga al empleador (que usualmente anticipa al trabajador) y luego la EPS recobra a ADRES dentro del año siguiente. No confundas: incapacidades de origen común (días 3–180) se pagan con cargo a la EPS y no las asume ADRES directamente al empleador.
Prescripción: ¿cuánto tiempo tengo para reclamar?
En Colombia, las acciones que emanan de las leyes sociales prescriben en 3 años desde que la obligación se hace exigible (art. 151 del Código Procesal del Trabajo y de la Seguridad Social) y el art. 488 del CST reitera el término trienal. En materia de incapacidades, los tribunales han aplicado este mismo término para reclamar a las EPS.
¿Desde cuándo cuento?
Una tesis práctica es contar desde el día siguiente al vencimiento del plazo legal de pago (15+5 hábiles) tras tu radicación completa ante la EPS. Recomendamos protocolizar la fecha de radicación y el detalle de los documentos aportados.
Interrupción/suspensión: el art. 151 CPTSS se refiere al reclamo del trabajador al empleador. En el escenario empresa vs. EPS, documenta derechos de petición, PQRS y radicaciones, pero no confíes en que esto interrumpe el término por sí solo: si se acerca el trienio, demanda oportunamente.
Intereses moratorios: ¿cuándo y cómo cobrarlos?
Si la EPS no paga dentro de los plazos (15 días para revisar + 5 días para pagar) debe reconocer intereses moratorios conforme al art. 4 del Decreto Ley 1281 de 2002, liquidados a la tasa de mora DIAN. El propio Decreto 1427 remite a esta regla. Incluye en tu carta de cobro el cálculo de intereses hasta la fecha de pago efectivo.
Ejemplos prácticos (casos reales y escenarios típicos)
Radicación completa, pago tardío
Una empresa radica el 3 de junio (con solicitud, certificado de incapacidad validado y certificación bancaria <30 días). El 24 de junio (20 hábiles aprox.) no hay abono. Procede cobro de intereses moratorios desde el día 21 hábil hasta el pago, con base en D. 1281/2002. Si persiste, queja a Supersalud y demanda dentro de los 3 años.Variación IBC >40% por promoción salarial
El trabajador ascendió en el mes de inicio. La EPS glosa por “variación abrupta”. Adjunta acto de aumento y solicita reliquidación según el art. 2.2.3.4.5 (solo por ajuste salarial soportado).Certificado por fuera de red
La incapacidad la emitió un especialista no adscrito. La empresa anexa validación de EPS (o solicita validación) y supera la inadmisión.Días 181–540
La empresa decidió anticipar al trabajador mientras AFP resolvía. Luego recobra a la AFP. Si la EPS no emitió a tiempo concepto de rehabilitación, se exigen pagos a cargo de la EPS hasta que lo expida; si no, tutela y/o acción ordinaria.
Errores que disparan glosas (y su antídoto)
Radicar sin certificación bancaria vigente → Adjunta certificado ≤30 días y que coincida con el NIT/social de la empresa.
Prórrogas sin continuidad → Asegura que no existan intervalos >30 días entre incapacidades relacionadas.
Pretender descontar por PILA → Prohibido; exige transferencia de la EPS.
Documentos extra-legales exigidos por EPS** → Oponte citando Decreto 1427: no se pueden exigir másdocumentos que los previstos para prestaciones económicas.
Rutas de exigibilidad si la EPS no paga
Requerimiento directo con invocación de plazos 15+5 e intereses moratorios (adjunta liquidación).
PQRS/Derecho de petición exigiendo decisión de fondo.
Queja a Supersalud por incumplimiento de plazos.
Acción ordinaria laboral (o contenciosa si aplica al régimen público) dentro del trienio. En casos de mínimo vital del trabajador, procede tutela para ordenar a la EPS el pago inmediato.
Preguntas frecuentes (FAQ)
1) ¿Existe un plazo máximo para que la empresa radique el recobro ante la EPS?
El Decreto 1427/2022 fija plazos para la EPS (15+5), pero no establece un término de radicación para el aportante distinto al término de prescripción general (3 años desde exigibilidad). Recomendamos radicar lo antes posible y, si hay glosa, subsanar dentro del término que indique la EPS.
2) ¿La EPS puede pedirme documentos diferentes a los del decreto (prestaciones económicas)?
No. Para prestaciones económicas (incapacidades y licencias) debe ceñirse a los documentos del art. 2.2.3.4.1. Exigir soportes adicionales no procede.
3) ¿Puedo deducir las incapacidades de la PILA mientras la EPS paga?
No. Está prohibido. La EPS debe pagar por transferencia al aportante.
4) ¿Qué pasa si el IBC cambió más de 40% en el mes de la incapacidad?
La EPS puede reliquidar pero solo si hay ajuste salarial real y soportado. Si no, puede glosar.
5) ¿Quién paga después del día 180?
Por regla general, AFP/Colpensiones (181–540). Si la EPS no emitió a tiempo el concepto de rehabilitación, ella debe cubrir hasta que lo emita. Sobre >540, la Corte Constitucional precisó escenarios en los que la EPS debe pagar.
Conclusión
El recobro de incapacidades se gana antes de radicar: verifica el origen, reúne los documentos del Decreto 1427/2022, respeta la trazabilidad (SIPE/portal EPS) y controla plazos. Si hay glosa, responde técnico-jurídicamente con las reglas del decreto (documentos taxativos, IBC, validación de certificados) y, si la EPS se demora, cobra intereses (art. 4, D. 1281/2002). Recuerda la prescripción trienal: no dejes vencer el término para demandar.
Referencias normativas y jurisprudenciales destacadas
Decreto 1427 de 2022 (documentos, validación, plazos 15+5, prohibición de compensar por PILA, reglas de IBC y variación >40%).
Decreto Ley 1281 de 2002, art. 4 (intereses moratorios a tasa DIAN).
SIPE – Sistema de Información de Prestaciones Económicas (gestión y trazabilidad).
Responsables por tramos 3–180 (EPS), 181–540 (AFP), escenarios >540 (EPS) – líneas de política y jurisprudencia.
Prescripción trienal (art. 151 CPTSS y art. 488 CST).
Este contenido es de carácter informativo y no constituye asesoría jurídica particular. Para un diagnóstico de tus casos, contáctanos.
